In ogni episodio Timmy, alle prese con problemi quotidiani spesso non infantili, esprime un desiderio, il quale si ritorce contro di lui o altre persone portandolo a vivere mille peripezie nell’intento di annullarlo alla fine della puntata, ottenendo importanti lezioni di vita. Oltre ad avere a che fare con Vicky, Trixie Tang (una ragazza popolare che piace a Timmy), gli amici e i parenti vari (di cui hanno sempre dei rapporti con altri umani e creature magiche), Timmy, Cosmo e Wanda dovranno spesso vedersela anche con Denzel Crocker, insegnante pazzo del bambino, il quale crede nell'esistenza dei Fantagenitori e prova costantemente a catturarli o rivelarli al mondo.
