Neo è convinto che esistano due realtà ben distinte: una rappresentata dall'esistenza che conduciamo tutti i giorni, l'altra nascosta e non accessibile a tutti. Neo intende scoprire la verità sulla Matrix qualcosa di cui la gente non vuole parlare, un'entità misteriosa e sconosciuta che esercita un potere sinistro sulla sua stessa esistenza. Ma che cos'è Matrix? Neo pensa che l'unico uomo in grado di dare una risposta alle sue domande sia Morpheus, uno strano personaggio di cui si raccontano episodi strani. Ma sarà l'incontro con Trinity a svelargli il mistero di Matrix.