La pace duramente conquistata è presto turbata: a distanza di un anno dalla fine della guerra la nuova colonia L3 X-18999 si ribella allo Stato Unico. La ribellione è guidata da Dekim Barton che intende mettere in atto l'originale Operation Meteor, che prevede la disastrosa caduta di una colonia sulla Terra. I piloti dei Gundam devono nuovamente tornare ai comandi per fronteggiare questa terribile minaccia.
