Sosuke è un ragazzino che vive in una casa su una scogliera vicino a un piccolo paese di pescatori. Un giorno incontra una pesciolina di nome Ponyo che è scappata di casa. Ponyo ha infilato la sua testa dentro un vasetto di vetro e non riesce più a liberarsi. Sosuke l'aiuta a uscire e i due si innamorano l'una dell'altro. Ponyo viene però riportata a casa da suo padre Fujimoto. La pesciolina coltiva il sogno di diventare umana e chiede alle sue sorelline di aiutarla a rubare la bacchetta magica del padre...... ...