Saki Hyuga, ragazza che gioca a softball, e Mai Mishō, ragazza appena tornata in città con la passione per il disegno, si rincontrano dopo cinque anni ai piedi dell'Albero del Cielo, dove Flappy e Choppy, due spiriti provenienti dalla Terra delle Sorgenti, donano loro il potere di trasformarsi nelle Pretty Cure. La loro missione è combattere contro l'impero del male di Dark Fall, un'organizzazione malvagia che, al fine di distruggere tutti i mondi, ha prosciugato sei delle sette Sorgenti che nutrono l'Albero del Mondo, la fonte di vita di tutto l'universo. Le Pretty Cure devono quindi proteggere l'ultima sorgente rimasta, quella del Sole, impedendo al nemico di scoprirne l'ubicazione, e salvare l'Albero del Mondo ripristinando le sei Sorgenti distrutte tramite la raccolta delle Gocce di Luce.
