Yu-Gi-Oh! Capsule Monsters è una serie di 12 episodi creata dalla 4Kids, quindi non di produzione nipponica, collocata tra le ultime due saghe della serie originale, ossia "Grand Championship" e "Le memorie del faraone". Questa mini-saga è stata realizzata appositamente per pubblicizzare il lancio del videogioco Capsule Monsters. La nuova avventura che coinvolgerà il giovane duellante inizia con Yugi che si imbarca per l'India, assieme ai suoi amici fidati Joey, Tea e Tristan. L'aereo però precipita prima di arrivare alla meta, in un'area dove Yugi scopre essere scomparso precedentemente il nonno, partito per una misteriosa spedizione. Yugi si lancia alla sua ricerca, esplorando una imponente piramide, dove verrà catapultato assieme al suo gruppetto di amici duellanti in un nuovo universo: il mondo di Capsule Monsters. Il faraone Atem si ritrova così a dover fronteggiare il lato oscuro del re e condottiero Alessandro Magno.
